eQMS::LIMS moguće je povezati s mjernom opremom i tako dodatno automatizirati laboratorijske postupke i smanjiti mogućnost pogreške. Mjernu opremu povezujemo bilo izravno bilo putem eQMS::LIMS CIS komunikacijskog servera — ‘one-stop‘ rješenja za povezivanje svih mjernih uređaja unutar organizacije te njihovu integraciju s drugim informacijskim sustavima u okruženju. eQMS::LIMS CIS omogućuje dvosmjernu komunikaciju s mjernom opremom, a  preuzimanjem rezultata eliminiraju se greške do kojih može doći prilikom prepisivanja rezultata mjerenja. Dodatno, prilikom prikupljanja rezultata instrumentalno sučelje prema LIMS sustavu obavit će i potrebne transformacije i kalkulacije nad prikupljenim rezultatima te tako obrađene podatke vratiti u eQMS::LIMS sustav, a sirove podatke, bez ikakvih transformacija na siguran način prenjeti u eQMS::LIMS SDMS (Scientific Data Management System).

Kao primjer, ovdje navodimo samo neke klase instrumenata koje je moguće povezati u eQMS::LIMS sustav:

Implementacija dobrog instrumentalnog sučelja prema LIMS sustavu nije jednostavna budući sučelje mora odgovoriti mnogim zathjevima laboratorija, od onih za sigurnošću podataka i mjerenja, pa do podrške raznim konfiguracijama instrumenata što često utječe i na format rezultata. Laboratoriji koji su investirali u instrumentalno sučelje za instrumente koji se često koriste ili pak za određene klase instrumenata kao što su ICP, AA ili kromatografi koji proizvode velike količine podataka ostvarili su povrat investicije u manje od godinu dana, dok su stvarni dobitak pouzdaniji podaci u LIMS sustavu. Bez odgovarajućeg sučelja svi podaci prikupljeni u LIMS sustavu su suspektni zbog mogućih grešaka prilikom ručnog unosa podataka. Nažalost, često se previđa cijena uporabe neispravnih podataka, odnosno isporuke neispravnih podataka krajnjem korisniku.